Les partenaires de l'Ireps sont nombreux : l'Etat, l'Assurance Maladie, les collectivités territoriales, les associations, les acteurs du champ de l'éducation, du sanitaire et du social, les établissements de santé, etc.

L'Ireps est membre de la fédération nationale des comités d'éducation pour la santé (Fnes).

Il travaille en lien avec l'Institut national de prévention et d'éducation pour la santé (Inpes).

Il anime le pôle régional de compétences en éducation pour la santé et promotion de la santé.